การบริหารงานและดำเนินการของคณะวิศวกรรมศาสตร์อยู่ภายใต้ความรับผิดชอบของคณบดีคณะวิศวกรรมศาสตร์
โดยมีกรรมการประจำคณะเป็นที่ปรึกษา ภายในคณะวิศวกรรมศาสตร์แบ่งส่วนราชการออกเป็น สำนักงานคณบดี
ภาควิชาวิศวกรรมเคมี ภาควิชาวิศวกรรมเครื่องกล ภาควิชาวิศวกรรมไฟฟ้า ภาควิชาวิศวกรรมอุตสาหการ โครงการจัดตั้ง
ภาควิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์ และโครงการจัดตั้งภาควิชาวิศวกรรมโยธา และโครงการจัดตั้งภาควิชาวิศวกรรมชีว
การแพทย์ ทั้งนี้ในปี พ.ศ. 2553 คณะผู้บริหารคณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดลประกอบด้วย
- คณบดี : ผศ. ดร.รวิน ระวิวงศ์
- รองคณบดีฝ่ายบริหาร : ผศ.บรรยงวุฒิ จุลละโพธิ
- รองคณบดีฝ่ายสื่อสารองค์กรและวิเทศสัมพันธ์ : อ.ดร.สราวุธ เวชกิจ
- รองคณบดีฝ่ายแผนงานและยุทธศาตร์ : อ.ดร.ธัชชะ จุลชาต
- รองคณบดีฝ่ายคลังและทรัพย์สิน : ผศ.ธนดล ปริตานนท์
- รองคณบดีฝ่ายสารสนเทศ : อ.ดร.นภดล วณิชวรนันท์
- รองคณบดีฝ่ายวิจัยและบริการวิชาการ : ผศ.ดร.สรนาถ ไรภู
- รองคณบดีฝ่ายวิชาการ : ผศ.ดร.วเรศรา วีระวัฒน์
- หัวหน้าภาควิชาวิศวกรรมเครื่องกล : ผศ.วิเชียร เอื้อสมสกุล
- หัวหน้าภาควิชาวิศวกรรมเคมี : ผศ. ดร.ณัฐวรรณ ยศวัฒน์
- หัวหน้าภาควิชาวิศวกรรมไฟฟ้า : อ.วรวิทย์ อิศรางกูร ณ อยุธยา
- หัวหน้าภาควิชาวิศวกรรมอุตสาหการ : อ.กัญจน์ คณาธารทิพย์
- ผู้อำนวยการโครงการจัดตั้งภาควิชาวิศวกรรมโยธา : ผศ.ดร.ธัชวีร์ ลีละวัฒน์
- ผู้อำนวยการโครงการจัดตั้งภาควิชาวิศวกรรมคอมพิวเตอร์ : อ. ฆนัท พูลสวัสดิ์
- ผู้อำนวยการโครงการจัดตั้งภาควิชาวิศวกรรมชีวการแพทย์ : ผศ. ดร.จักรกฤษณ์ ศุทธากรณ์
คณาจารย์และบุคคลกร
ปัจจุบันคณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล มีอาจารย์ประจำ 88 คน อาจารย์ชาวต่างประเทศ 6 คน
บุคลากรสายสนับสนุน รวม 125 คน รวมเป็นจำนวนบุคลากรทั้งสิ้น 219 คน
ศูนย์สำนักงานโครงการและหน่วยงานที่ให้บริการการวิจัยและบริการวิชาการ
คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล ได้ดำเนินการให้บริการการวิจัยและบริการวิชาการ แก่หน่วยงานภายนอก
โดยผ่านศูนย์/สำนักงาน/โครงการและหน่วยงานภายในต่าง ๆ จนถึงปัจจุบัน (พ.ศ.2553) มีจำนวน 21 หน่วยงาน
ซึ่งประกอบด้วย
- โครงการที่ปรึกษาด้านการอนุรักษ์พลังงาน
- โครงการที่ปรึกษาทางวิศวกรรม
- โครงการเครือข่ายเทคโนโลยีสะอาด มหาวิทยาลัยมหิดล
- โครงการบริการตรวจวัดและวิเคราะห์คุณภาพสิ่งแวดล้อม
- โครงการศูนย์วิจัยและบริการวิชาการวิศวกรรมไฟฟ้าและการสื่อสาร
- โครงการบริการวิเคราะห์ ทดสอบ วัสดุก่อสร้าง
- โครงการศูนย์เครือข่ายวิจัยประยุกต์ทางเทคโนโลยีหุ่นยนต์และชีวการแพทย์
- โครงการศูนย์วิจัยและพัฒนาพลังงานและสิ่งแวดล้อม
- โครงการศูนย์วิจัยและปฏิบัติการทดสอบพลังงาน
- โครงการวิศวกรรมสีเขียว
- โครงการศูนย์วิจัยและพัฒนาภูมิสารสนเทศ
- โครงการบริการวิชาการด้านสารสนเทศ คณะวิศวกรรมศาสตร์
- โครงการศูนย์พัฒนาเทคโนโลยีการสำรวจระยะไกลและภูมิสารสนเทศ
- โครงการศูนย์ผู้เชี่ยวชาญด้านระบบขนส่งการจราจรและโลจิสติกส์
- โครงการศูนย์บริการทางอุตสาหกรรม
- โครงการศูนย์นวัตกรรมโลจิติกส์
- โครงการคลีนิคคอมพิวเตอร์
- โครงการศูนย์บริการคอมพิวเตอร์แบบบูรณาการ
- สำนักงานเครือข่ายการจัดการโลจิติกส์
- สำนักงานเครือข่ายห้องปฏิบัติการวิศวกรรมชีวการแพทย์
- ศูนย์ข้อมูลและวิจัยทางวิศวกรรมศาสตร์